El pueblo originalmente se llamaba «Espíritu Santo», y fue fundado en 1813, pero posteriormente se le cambió el nombre a «Chisec», que en dialecto q’eqchi significa «Navajuela»Nota 1 Chisec no figuraba en la nómina de ciudades, villas y pueblos del reino de Guatemala, ni entre los pueblos en que la Asamblea Nacional Constituyente dividió el territorio del Estado de Guatemala, en decreto número 43 del 9 de septiembre de 1839. Pero el pueblo de Chisec aparece oficialmente como tal en la tabla de distritos territoriales, anexo al Decreto Gubernativo número 301 del 28 de Diciembre de 1883. Como Chisec, ya aparece en la demarcación Política de la República de Guatemala, oficina de Estadística 1892. El Acuerdo Gubernativo que estableció el nuevo lindero parcial fue decretado el 25 de septiembre de 1972.
El municipio de Chisec, fue fundado por grupos de diferentes orígenes, entre los que destacan personas de San Pedro Carchá. Su primer intendente municipal era de esa localidad y se llamaba José Caal. La comunicación a la cabecera departamental era bastante difícil ya que solo se contaba con un extravío que comunicaba al municipio de San Pedro Carcha vía Campur y posteriormente a la cabecera departamental de Cobán.
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