Los orígenes de Quintero se remontan a 1536, cuando llega el español don Alonso de Quintero en la nave Santiaguillo. En esa época los marinos españoles confeccionaban carta de navegación en su reconocimiento, gracias a la ayuda de un traductor Inca, quien le dijo que en la cima del cerro más alto (Cerro Mauco), verían un fuerte en un cima, punto que acordaron el y Diego de Almagro para juntarse, así ésta fue llamada "Bahía de Quintero", quedando consignada así para la Armada española.
Aunque por la característica del área, una bahía cerrada y protegida de los vientos, amplias llanuras adyacentes a la bahía, agua fresca de esteros, el cercano río Aconcagua y bastante madera en las cercanías, atributos únicos en la costa chilena, ni Diego de Almagro ni los demás conquistadores quisieron ocupar la bahía, aunque se sabe con certeza que fue por culpa de los indígenas que esa zona no se colonizo, la razón exacta se desconoce se barajan dos posibilidades, La primera teoría, es que la hostilidad que mostraron los indígenas en el ataque de Con-Con, los conquistadores prefirieron dejar el lugar en paz, y localizaron un puerto en un zona libre de indígenas como lo era Valparaiso. La otra teoría indica que ese sector era un lugar maldito para los indígenas, pues los asentamientos anteriores de los indígenas habían sido arrasados por fuertes y susesivos maremotos a principios del siglo XVI, por el conocido ciclo tectónico de 81 años, asustados los indígenas vieron esos maremotos como una señal de que ese lugar no quería ser domado. No obstante la primera opción compresible, esta no explica porque los españoles no colonizaron ni fundaran un puerto en Quintero, seguramente en los siglos posteriores se piensa que esa idea del lugar maldito, continuo pesando en la mente de los españoles, y sino quien más que la instalación de los propios Jesuitas alejaran he hicieron olvidar aquella leyenda del lugar.
Piratas y Corsarios existen en la historia y leyenda de Quintero,se consigna que el 9 de abril de 1587 llega el corsario inglés Thomas Cavendish, así también llegan los piratas Drake en el siglo XVI y Spilbergen en el siglo XVII, encontrando un punto de descanso y abastecimiento de agua y leña. Como recuerdo de ello, quedó la Cueva del Pirata, ubicada en el acantilado Punta Liles.
Durante los siguientes años Quintero prosperó en la agricultura y ganadería, no siendo utilizada por los españoles como puerto de mar. Los primeros en hacerlo fueron los sacerdotes jesuitas quienes sacaron por Quintero la producción de sus haciendas del sector. Por el año 1822 llega a Quintero el Vicealmirante Lord Thomas Alejandro Cochrane, Conde de Dundonald, donde fijaría su residencia. Al tiempo de Cochrane llega la escritora inglesa Mary Graham quien en su libro "Diario de mi residencia en Chile", destaca en forma muy especial la belleza de Quintero... "región rodeada de parajes con exuberante vegetación y lagunas en las que habitan diversas especies acuáticas." En el mismo año que Mary Graham estaba en Quintero, el pueblo fue sacudido por un violento terremoto muy destructivo.
El 24 de noviembre de 1865, el Presidente don José Joaquín Pérez, dicta un decreto que señala en su artículo primero: "Créase el Puerto Mayor de Quintero, en la bahía que lleva su nombre". Esta fecha corresponde al aniversario oficial del puerto y ciudad de Quintero.
Importante en la historia del pueblo es la llegada en 1871 de don Luis Cousiño Squella, siendo dueño de extensos terrenos de la península. Gestor del progreso comunal y precursor en convertir este lugar en el balneario de la provincia de Valparaíso. Toda su obra fue seguida por su familia en el paso de los años.
En 1906 hubo un muy violento Maremoto y los sobrevivientes se refugiaron en la cumbre del Cerro La Cruz de unas centenas de metros y eso dando a la capilla ahora en la cumbre
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