En la época de Don Pedro de Valdivia, por los años 1540, el lugar denominado Panquehue era sólo una laguna y pantano de la ribera del río del Valle del Aconcagua, donde crecía el pangue, planta de hojas grandes que se desarrolla en los barrizales, y que hasta el día de hoy se encuentra en el sector de San Roque. De allí surge el nombre de la comuna, que proviene de la lengua indígena mapuche y que significa lugar de pangues.
Desde el siglo XVII se ubicaron tres grandes haciendas: San Buenaventura, San Roque y Lo Campo. Años después llegaron hasta este lugar Maximiano Errázuriz, Ramón Freire, entre otros, con el fin de comercializar las turbas que existían en aquellos años. Éstas son una especie de mineral que calienta la tierra. La intención de los señores de la época era explotar este inorgánico, y luego convertirlo en una barra de combustible para cocinar, pero el negocio no dio los resultados que ellos esperaban. Producto de lo anterior, Errázuriz cambió el giro de sus operaciones y trajo desde Francia las cepas para los viñedos; desde allí que la zona se consolidó como un valle fértil.
Un mapa del siglo XVIII, que describe dicho valle, levantado con posterioridad a la fundación de San Felipe (1740) y con anterioridad a la de Los Andes (1792), muestra a Panquehue, como una gran superficie cubierta por montes, un estero, y un camino real que lo atraviesa, confirmando así las características físicas que expresa su nombre.
Sus deslindes están muy acusados por los rasgos naturales del paisaje: por el noreste, el Río Aconcagua; por el sureste, un cordón de cerros; dos puntillas que se topan con el río y lo encierran por sus costados; al oriente, deslinda con el río entre los puentes de ferrocarril y carretero que permiten el acceso a San Felipe: al poniente lo separa Chagres.
Este factor geográfico le ha permitido permanecer inalterada como unidad administrativa desde la década de 1820, época en que se lo menciona como cuarta subdelegación de la comuna de Los Andes. Posteriormente se transformó en quinta subdelegación y, el 31 de diciembre de 1896, en comuna del departamento de Los Andes, bajo el gobierno de don Federico Errázuriz Echaurren y su primer alcalde fue don Guillermo Rucker. En 1927 pasó a depender del departamento de San Felipe, hoy provincia de esta misma ciudad. Pero siempre con los mismos deslindes.
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