San Joaquín nace de la partición territorial de la comuna de San Miguel en 1981, y el 27 de julio de 1987 fue designado su primer alcalde; comenzando la atención de los usuarios el día 9 de octubre del mismo año, día designado como aniversario de la comuna.
El nombre de la comuna proviene de la antigua Avda. San Joaquín, actualmente Avda. Carlos Valdovinos, que atraviesa el extremo norte de la comuna de oriente a poniente. En la comuna de San Joaquín está ubicada la Población La Legua.
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