El origen del nombre de la comuna viene de la lengua Mapuche "küla" = tres, "kura" = piedra, por lo que se deduce que "Tres Piedras" es el nombre que hicieron los primeros habitantes de este valle en referencia a los tres cerros que son perfectamente visibles y que dividen la comuna de Quilicura con la comuna de Renca. Otra versión sobre el origen del nombre indica que se derivaría del "Curaca" "Quilicanta", gobernador incaico que dominaba estas tierras y los "mitimaes" a la llegada de los españoles. Era habitual que los dominios adoptaran el nombre de sus gobernantes, como es el caso del Cacique "Butacura" (Vitacura). Posteriormente estos terrenos en conjunto con Lampa conformaron la extensa Chacra de Quilicura, que en parte era un terreno con una extensa laguna (hoy extinguida) de aguas lluvias. Su historia data desde casi la fundación de la ciudad de Santiago de Nueva Extremadura. Su primer dueño fue Gaspar de Villaroel, uno de los soldados de Pedro de Valdivia. Luego fueron vendidas a Bartolomé Blumen (Flores) en 1555, también venido con Pedro de Valdivia. Fueron mensuradas por Ginés de Lillo. Posteriormente, las heredó Agueda Flores (abuela de Catalina de los Ríos y Lisperguer) y esta a su vez las dio como parte de la dote de su hija María Flores (tía de la Quintrala). Esta Lísperguer, a su vez la donó a su sobrino Juan Rodulfo Lísperguer, quien estaba casado con doña Catalina Lorenza Irarrázaval Aguilera, quien al enviudar, las vendió a Juan de Castro y Pro y a doña Gregoria de Zavala Amezquita en 1656.
Juan de Castro contrajo deudas con el Convento de las Agustinas y luego de unos pleitos fueron cedidas a su hija Ana Castro Pro Zavala en 1695. En 1700, fueron heredadas por Gregoria Leiva Castro quien tuvo muchos pleitos con los Agustinos, y finalmente salió a remate en 1744, adquiriendolas José Fernández Campino.
La Ciudad de Quilicura (fundada en el año 1901) en primera instancia fue un conjunto de parcelas agrícolas que formaban una comunidad agraria próxima a la capital. A partir de la segunda mitad del siglo XX, comenzó a experimentar un vertiginoso crecimiento poblacional, alentado por las nuevas villas que se construían y la cercanía a la capital. Durante la dictadura militar de Augusto Pinochet, Quilicura estuvo gobernada por Ana María Ried, alcaldesa designada. En el año 1990, ya en democracía, fue electa como jefa comunal, Carmen Romo Sepúlveda, quien estuvo a cargo de la comuna durante 16 años. (1996-2008). Durante ese periodo, tuvo un gran desarrollo habitacional y de calidad de vida, lo que hace que Quilicura hoy sea comuna satélite y en vías del desarrollo. Durante su periodo, los concejales que asesoraron a la ex alcaldesa fueron (2004-2008):
Claudia Donoso Plaza (UDI) (2000-2016)
Juan Carrasco Contreras (Ex DC, Independiente) (2004-2008)
Miriam Bázaez Guerra (PPD) (1996-2012)
Héctor Ponce Gutierrez (Ex DC, PRI) (2004-2012)
Jacqueline García Chaparro (PS) (2000-2008)
Catalina Del Real Miholovic (RN) (2004-2008)
El día 6 de septiembre de 2012, Google anuncia la construcción del primer Data Center en Latinoamérica en la comuna, con una inversión de US$150MM, la cual entraría en operación a fines del 2013.1
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