La historia de Pirque, tras la fundación de Santiago por parte de los españoles, se remonta al surgimiento de cada una de las Haciendas que conforman los actuales sectores de la comuna.
En un principio, las tierras que fueron destinadas a la ganadería, pasaron rápidamente a ser sembradas con cereales. Con la construcción del canal "La Sirena", en 1834, ordenado por don Ramón Subercaseaux, Pirque transformó su aspecto desértico inicial y sería su yerno, don Melchor de Concha y Toro, casado con Emiliana Subercaseaux, quien traería a Pirque la actividad vitivinícola. Sindo sus tierras de gran valor
Pirque se ubicaba en el gran Departamento de Rancagua ubicado en la parte sur de la Provincia de Santiago, entre el río Maipo y él río Cachapoal y el río Rapel.
El 10 de diciembre de 1883, se crea la Provincia de O'Higgins, con el sector oriental del antiguo Departamento de Rancagua. Dentro de éste, se crean los nuevos departamentos de Rancagua, Cachapoal y Maipo. La cabecera del Departamento de Maipo es Buin.
El departamento de Maipo, con el decreto del 2 de noviembre de 1885, organiza los límites de sus nuevas subdelegaciones. Pirque corresponde a la subdelegación 11a. La Municipalidad de Buin se encarga de la administración de las subdelegaciones.
Con el Decreto de Creación de Municipalidades del 22 de diciembre de 1891, se crean otras municipalidades en el Departamento (Maipo, Valdivia de Paine y Estación de Hospital). La subdelegación 11a, Pirque, sigue siendo administrada la Municipalidad de Buin.
Posteriormente, se crea la Municipalidad de Pirque, que administra la subdelegación 11a, Pirque.
La Comuna de Pirque se crea el 22 de diciembre de 1925, por Decreto Ley Nº 803 en el Departamento de Maipo, Provincia de O'Higgins.
Con el DFL 8582 del 30 de diciembre de 1927, se reorganizan las provincias. El Departamento de Maipo pasa a formar parte de la nueva Provincia de Santiago. Con el DFL 8583, de la misma fecha, reorganiza los departamentos. La comuna-subdelegación de Pirque integra el Departamento de Maipo.
El 22 de mayo de 1929 por DFL 2335 se anexa la Comuna-subdelegación de Pirque del Departamento de Maipo al Departamento de Santiago.
El 20 de enero de 1930 por Decreto 116 se suprime la Comuna-subdelegación de Pirque y su territorio se anexa a la Comuna-subdelegación de Puente Alto del Departamento de Santiago.
El 25 de agosto de 1933 por Ley 5229 se crea la Comuna-subdelegación de Pirque en el Departamento de Santiago con parte del territorio de la Comuna-subdelegación de Puente Alto.
El 24 de noviembre de 1938 por Decreto 4.771 fija limites de la Comuna-subdelegación de Pirque y de sus Distritos en el Departamento de Santiago.
El 9 de septiembre de 1958 por Ley 12.997 se crea el nuevo Departamento de Puente Alto, el que integra la Comuna-subdelgación de Pirque.
La presencia de numerosas parcelas de agrado, que aún caracterizan a la comuna como zona agroresidencial, es de antigua data. Sin embargo, Pirque continuaba hasta 1970 destinando sus suelos preferentemente a la agricultura, cuya producción era enviada mayoritariamente a Santiago y otras provincias.
Hacia 1982 el perfil agrícola comenzaba a desvanecerse, cuando fueron parcelados algunos terrenos pertenecientes a la "Viña Concha y Toro", donde se levantaron viviendas con características que las hicieron accesibles a los estratos de clase media acomodada, con lo que Pirque dejaba atrás la exclusividad que había ostentado hasta entonces.
Además, es zona de instrucción aeronáutica, llamada D-11, (Delta once), donde practican varias escuelas de vuelo de la región.
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