La zona estuvo habitada por indígenas chonos y posteriormente por payos. A fines de la época colonial, se entregaron títulos realengos a varios caciques huilliches que habitaban la zona. A fines del siglo XIX había solamente los caseríos del pueblo Quellón Viejo en esa región.
El pueblo de Quellón fue fundado en 1905 por la Compañía Destilatoria Quellón, que extraía alcohol de la madera de los extensos bosques existentes en esa época. La compañía, asimismo dedicada a la producción de carbon vegetal y acetona, construyó una corta línea ferroviaria de trocha angosta para el transporte de la madera desde el bosque hasta el puerto. Merced al destilatorio la ciudad experimentó un gran auge, pero en 1952 el destilatorio fue cerrado por falta de mercado.1 Durante muchos años Quellón estuvo aislado del resto de la isla, comunicándose sólo por vía marítima. Sin embargo, desde hace más de 40 años quedó conectado al resto del país y América a través de la Carretera Panamericana, transformándose, precisamente, en su punto más austral o "hito 0". La construcción de la Panamericana fue terminada en 1966.
Hasta el terremoto de 1960 la mayoría de la población vivía al bordemar donde había muchos palafitos, pero casi todos fueron destruídos por el terremoto y el tsunami.2 Después, la población se trasladó a la parte alta de la ciudad donde fueron construidas nuevas casas y calles.
Hoy en día es el principal puerto de la Isla de Chiloé, siendo la base de su economía la industria salmonera y la extracción de productos del mar. El monumento "llamado "HITO CERO", recuerda al visitante, que es el punto terminal de la ruta panamericana, que comienza en Alaska, uniendo las tres Américas.
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