El nombre Puqueldon deriva de la palabra Pucolon, que en lengua nativa significa "region de maquis".
Ubicado en la isla Lemus, este poblado estuvo habitado por indígenas hasta la llegada de españoles, quienes se establecen y fundan su capilla hacia 1785. Fue establecida inicialmente como una guarnición y presidio militar. Dos años después, en 1787, un censo determina que la población de la zona era mixta, formada por 1.021 españoles y 374 indígenas.
En 1826 pasa a formar parte del Departamento de Chiloé. En 1940 es construída su actual iglesia.
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