Chonchi fue fundado como San Carlos de Chonchi el 3 de agosto de 1767, y en 1787 tenía 315 habitantes. En 1833 fue reconocida como el pueblo más importante al sur de la isla.
El creador del himno a Chiloé, Manuel Jesús Andrade Bórquez, nació en Chonchi el 21 de junio de 1886. En 1930, la ciudad tenía 14.546 habitantes. El terremoto de 1960 destruyó casi todos los palafitos.
La comuna tiene una superficie de 1 362 km
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