El territorio de la actual comuna de Chaitén (al igual que todo el sector de Chiloé Continental o Palena) permaneció por años inexplorado, incluso luego de la independencia de Chile. La zona fue visitada por varios navegantes chilotes que recorrieron sus terrenos, incluso en búsqueda de la mitológica Ciudad de los Césares.3
Las primeras concesiones de terrenos en las zonas actuales de la comuna fueron adjudicadas el 4 de noviembre de 1885 en Calbuco (sobre un predio de 74.900 hectáreas),4 En 1903, buques de estudios hidrográficos de la Armada de Chile encontraron la desembocadura del río Yelcho, que permitiría en los años posteriores la conexión hacia el interior de Palena, y en 1905 se establecerían los primeros habitantes de la costa de la comuna, iniciando la colonización de Palena.5 En la desembocadura del Yelcho, el 12 de septiembre de 1921 se instalaron tres viviendas de colonos chilotes provenientes de Dalcahue en el sector de Chaitén Viejo y el 24 de agosto de 1933 se instaló un nuevo colono en Peñas Blancas.3 Ambos sectores finalmente se fusionarían para dar forma a la localidad de Chaitén, cuyo nombre provendría de una expresión del mapudungun, chai-chaitún, que significa "colar en chaivas", una especie de canasto.4 Chaitén sería oficialmente fundado como ciudad el 24 de febrero de 1940.6 5
Con el paso de los años, el puerto de Chaitén sirvió como entrada a las tierras casi inexploradas del denominado Chiloé Continental, especialmente para los colonos del lago Yelcho, el sector de Futaleufú y el lago Palena. Mensualmente, el barco Tenglo de la estatal Ferronave servía para abastecer a los colonizadores y desde Chaitén salían barcazas que navegaban por el río Yelcho hasta Puerto Cárdenas, cruzaban el lago Yelcho y finalizaban en Puerto Ramírez, donde los víveres eran transportados a caballo hasta Futaleufú y Palena.6
En 1946 se instaló el Cuerpo Militar del Trabajo, perteneciente al Ejército de Chile, y destinado a construir un camino terrestre hasta el lago y así facilitar el transporte de víveres a los colonos del interior.6 Para ese entonces, Chaitén ya contaba con un centenar de habitantes y algunos locales comerciales. En su gran mayoría, los habitantes de estos territorios provenían de las islas del archipiélago de Chiloé.
Chaitén se convertiría en capital del departamento de Palena en 1959, luego que este fuera escindido del departamento de Quinchao (con capital en Achao), formando parte de la provincia de Chiloé. Sólo con el proceso de regionalización realizado entre 1974 y 1976, Palena adquiriría el nivel de provincia, pasando a depender administrativamente de Puerto Montt y no de Chiloé.5
La apertura de la Carretera Austral durante los años 1980 y la mejora de los servicios de transbordadores desde Puerto Montt y otras localidades chilotas, el aislamiento de Chaitén se redujo, sumado a los progresos en telecomunicaciones de los años siguientes. Esto permitió que la economía del lugar se enfocara principalmente en el desarrollo del turismo, al ser la puerta de entrada de la Patagonia chilena y la región de Aisén.
Debido a la erupción del volcán Chaitén en mayo de 2008, la ceniza volcánica y los lahares secos destruyeron gran parte de la capital comunal.
Al centro de la ciudad se puede observar el desborde del río Blanco, provocado por la acumulación de material volcánico, y que inundó casi la totalidad de las viviendas.
Chaitén era, a comienzos de los años 2000, una de las comunas con mayor índice de desarrollo humano de la región (siendo superada sólo por Ancud, Castro, Puerto Varas y Puerto Montt)7 y su población total llegaba en 2002 a los 7.182 habitantes, de los cuales 4.625 vivían en el puerto.8
El 2 de mayo de 2008, tras una seguidilla de temblores, hizo erupción el cercano volcán Chaitén, cubriendo el cielo con una enorme nube de cenizas que se extendió desde Puerto Montt a diversas localidades de Argentina (llegando incluso a Buenos Aires), las que luego se depositaron en el suelo de Chaitén con un espesor de 2 dm en menos de un día. La Armada de Chile coordinó de inmediato un operativo de evacuación: 1.500 personas fueron trasladadas a Puerto Montt y Chiloé en las primeras horas y al día siguiente ya habían partido más de cuatro mil personas.1 Algunas personas se rehusaron a abandonar la localidad pese a que el gobierno estableció una zona de evacuación con un radio de 50 km desde el cráter del volcán, previendo el colapso de la columna de humo y la caída de flujo piroclástico.
El gobierno presentó el 7 de mayo un recurso de protección, con orden de no innovar, que permitiera utilizar incluso la fuerza para evacuar a los residentes de la comuna, siendo aprobada rápidamente, aunque finalmente el fondo del recurso fue rechazado.9 10 Una serie de explosiones en el cráter y la emisión de material incandescentes cerca de la medianoche del 8 de mayo dio la orden de evacuación forzosa de los residentes dentro del perímetro de protección, quedando así Chaitén completamente deshabitado.
El gobierno central decidió el cierre de la capital comunal por al menos tres meses, mientras el cercano río Blanco se desbordó producto de los lahares formados por el material volcánico acumulado e inundó casi la totalidad de las viviendas abandonadas.11 La capitalidad de la provincia fue trasladada a Palena de forma transitoria y el gobierno inició un proceso de evaluación de un traslado definitivo hacia Palena o Futaleufú o incluso la construcción de una "nueva Chaitén" en las actuales Caleta Gonzalo o Ayacara.12 Aunque en las semanas siguientes la actividad del volcán disminuyó, ésta continuó presentando algunos rebrotes de forma espontánea. Tras más de dos meses, el gobierno permitió el ingreso de algunas familias a la zona afectada de manera momentánea y declaró que la ciudad estaría inhabitable por lo menos hasta 2010.13
El gobierno instruyó diversos estudios a la Pontificia Universidad Católica de Chile y la Universidad Austral respecto de los riesgos que representaba para la ciudadanía la repoblación de Chaitén y basados en dichos estudios, fue anunciado el 29 de enero de 2009 que la ciudad sería reconstruida en alguna región al norte del anterior asentamiento, pese al rechazo de sus antiguos habitantes. Además, se decidió trasladar definitivamente la capital provincial a Futaleufú.14 Durante el mes de febrero de 2009, un nuevo ciclo eruptivo se desató en el volcán, provocando el desprendimiento del domo y aumentando los temores de un posible colapso del cono. Aunque nuevamente se evacuó a gran parte de los habitantes, algunos se mantuvieron pese al peligro descrito por vulcanólogos. En ese contexto, el gobierno anunció que la localidad de Santa Bárbara (conocida también como Fandango) sería el lugar del asentamiento de la nueva Chaitén.2
En septiembre de 2010, el gobierno anunció el concurso público para diseñar los edificios públicos y el casco urbano de Nueva Chaitén, que volverá a ser la capital comunal.15 El 18 de marzo de 2011 fueron reabiertos los servicios básicos de agua potable y luz eléctrica en el casco norte de Chaitén, en marco del plan maestro de repoblamiento.16
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