Se le ha llamado, según el saber popular, como "tierra de brujas", pues se dice que en el Cerro San Juan se reunían las brujas a realizar sus ritos. Sin embargo, esta es una denominación totalmente castellanizada y que denota la concepción que se tenía en la época de la ocupación española. La raíz de Machalí puede encontrarse en la expresión machi alün, "hay machis" o "existen machis". Puede que la historia de las "brujas" del Cerro se refiera a reuniones o rogativas que machis realizaban en este lugar previamente y durante la conquista.
Durante el gobierno de Jorge Montt se dictó la "Ley de la comuna autónoma" el 22 de diciembre de 1891, que entre otras creo la comuna de Machalí. Hasta esa fecha formaba parte del Departamento de Rancagua, que incluía además a las subdelegaciones de San Joaquín, Errázuriz, Las Chacras y Machalí.
El territorio de la nueva Municipalidad de Machalí delimitaba por el Norte con el Estero La Cadena; por el Sur con la Alameda actual de Rancagua; por el Este la acequia La Compañía; y por el Oeste la línea del Ferrocarril. Esta delimitación dejó como parte de Machalí varios sectores de la actual comuna de Rancagua.
El 9 de marzo de 1894 se realizó la primera elección de regidores
Los elegidos fueron: Domingo Gacitúa, Eliseo Díaz, Ramón Castro, David Aránguiz, Alberto Correa, Luis Sanfuentes, Lorenzo Campos, Juan Esteban Santelices y Santiago Aránguiz. Todos de los entonces Conservador y el Liberal.
El 6 de mayo de 1894 y dando cumplimiento a la Ley Orgánica Municipal se efectuó la primera sesión ordinaria de la Municipalidad, reunión en la que resultó elegido como el primer Alcalde don David Aránguiz Aránguiz, quien era considerado como uno de los patriarcas del pueblo y un gran consejero. Sus funciones alcaldicias las desarrolló entre 1894 y 1900. Durante ese tiempo el municipio se abocó fundamentalmente a la organización de funciones administrativas del pueblo como la reorganización de la Policía de Seguridad, la delimitación de los límites urbanos y la designación de los nombres de las calles.
A comienzos del 1900, el número de habitantes de Machalí había aumentado considerablemente y los fieles locales realizaban constantes peticiones al Arzobispo Mariano Casanova para que erigiera una parroquia en el pueblo, pues no podían ser atendidos cómodamente por el vice-Párroco, el sacerdote Manuel Gondián.
Fue así como, el 6 de noviembre de 1901, el Arzobispo de Santiago, Mariano Casanova, dictó el Auto de Erección de la nueva Parroquia de Machalí bajo la advocación de San Juan Bautista. Con este trascendental paso, se aseguró para los machalinos una nueva era en la atención espiritual, con misas frecuentes, servicios de confesionario, atención de matrimonios y defunciones, poniendo fin a un sistema en que los sacramentos y ritos de la Iglesia eran precarios y distanciados, quedando sólo el recuerdo de las misas que, esporádicamente, realizaban los sacerdotes venidos de Rancagua en carretela. La construcción quedó emplazada en calle San Juan, a un costado del actual Edificio Municipal.
El Viernes 10 de junio de 2005, Machalí salta a la luz con un hecho dramático. Cerca de las nueve de la mañana, un grupo de hombres armados ingresa violentamente a la Casa de la Cultura de Machalí, donde funcionaba una plaza de pagos del Instituto de Normalización Previsional, con una ráfaga de disparos de fusiles M-16 al aire. Un camión de valores había llegado momentos antes con cerca de 80 millones de pesos destinados al pago de los pensionados de la zona. El guardia del recinto, Jaime Labraña Horta, de 24 años, responde con su arma el ataque, originando una balacera breve pero intensa, que le costaría la vida. Antes de caer mortalmente herido, Labraña logra dar muerte a uno de los asaltantes. Además los asaltantes le disparan a Evaristo Moreno Carrasco, un cuidador de autos con discapacidad mental, tres balazos que le causaron la muerte. Psteriormente el municipio le erige un monumento a Evaristo Moreno.
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