Desde un principio en el valle se organizaron colonias de agricultores, alfareros y tejedores, los que eran principalmente picunches, quienes fueron invadidos por los quechuas, quienes entregaron nuevos conocimientos a la agricultura y la economía, fundamentalmente en la extracción de minerales que existían en el distrito, lo que les permitió fabricar herramientas y ornamentos. La invasión inca aunque por corto período, dejó su impronta en la zona y se asimila en la cultura local mejorando diversas técnicas, en particular la agricultura.
Estrechamente unido a Copequén, Coinco fue un curacazgo incaico, lugar donde se acentó el curaca o representante del Inca, convirtiendo a la región bajo un régimen político de señoríos y con el gobernador curaca radicado en Copequén en el centro administrativo y de poder mas importante desde el Mapocho hasta el Maule. Gran parte del actual territorio de la comuna de Coinco corresponde al antiguo "Pueblo de Indios" de Copequén, el de mas antiguo poblamiento figurado en el año 1580 en la relación del Obispo Fray Diego de Medellín. Su primer encomendero (1540) fue el teniente español Pedro de Miranda, quien llegó a mandar desde Cachapoal a Río Claro. El trazado de la Villa tiene un claro origen indígena, sin embargo se destaca el rasgo de la fachada continua en muchos sectores, al igual que los corredores hacia la calle (Patrimonio Arquitectónico de la Sexta Región 1999).
Era llamada Aldea de Coihuinco hasta 1872, cuando recibió el título de villa.
Hasta el término de la dominación española territorialmente dependió de la Provincia de Colchagua. Hasta 1891 fue una subdelegación dependiente del Departamento de Caupolicán, hasta que el 22 de diciembre de ese mismo año fue declarada comuna y su cabecera, el Pueblo de Coinco, declarada villa el 9 de noviembre de 1877. Con el tiempo se estableció una viceparroquia, debido al aumento de población y la entrega de tierras se construyó la primera Iglesia en 1868, que fue seriamente dañada por el terremoto de 1985, siendo reconstruida años después, aunque con el terremoto de 2010 su torre fue destruida prácticamente en su totalidad.
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