En el año 1544, el capitán italiano Juan Bautista Pastene, ingresó por el río Biobío con su barco divisando el actual territorio comunal, en ese entonces habitado por mapuches.
El 30 de noviembre de 1554, los mapuches intentaron atacar la ciudad de Concepción valiéndose de los cerros comunales como refugio. No obstante, pese a que participaron grandes caciques de la época como Caupolicán, Paicaví o Tucapel, fueron derrotados por los españoles, los que eran dirigidos por Pedro de Valdivia y Jerónimo de Alderete.[cita requerida]
Dos siglos más tarde, estas tierras pasarían a manos de la orden de los jesuitas, pero con la expulsión de la Orden en 1767 por orden del Rey Carlos III de España, las tierras fueron confiscadas y pasaron a manos de don Antonio Narciso de Santa María y Escobar.5
A inicios del siglo XIX, Hualpen era un territorio, bajo la jurisdicción de Concepción, de carácter rural, especializada en fundos lecheros y chacareros. Durante la guerra de independencia sirvió de escondite a patriotas. El patriota Miguel de Zañartu y Santa María, autor definitivo del acta de independencia, tuvo relación con el Hualpen de la época, al igual que Pedro José del Río de la Cruz, comisario de guerra de la Segunda división del ejército patriota. Ya entrada la república, personajes reconocidos de Hualpen fueron José María de la Cruz y Prieto, y su hija, Delfina de la Cruz y Zañartu, esposa del presidente Anibal Pinto Garmendia.6
Por esos años, Parmenia del Río y Zañartu resultó heredera del fundo Hualpencillo, posteriormente adquirido por Samuel Price Oxley, lugar donde actualmente se ubican Cerro Verde, Lenga y el Club Hípico.
Un siglo más tarde las tierras la heredaría su tataranieto, Pedro del Río Zañartu, a través se su madre, Doña Francisca Zañartu y Trujillo. Zañartu, en su Fundo Hualpen, habilitó su casa habitacional de 1870 como un museo con las colección de objetos que recogió en sus viajes por el mundo, abriendo sus puertas al público el año 1935. 7
Entregó sus tierras y su casa a su muerte a manos de la Municipalidad de Concepción, la cual, más tarde, las entregaría a la Municipalidad de Talcahuano.8
Parque museo, Pedro del Río Zañartu.
A fines de la década del 40, empezó un auge industrial en las cercanías del actual territorio comunal, con la instalación de grandes industrias como la siderúrgica Huachipato, lo que atrajo a nuevos habitantes buscando oportunidades de trabajo. Estos primeros núcleos habitados se sumaron a los de La Cantera de Lenga y la Planta Ballenera de Chome.
En las actuales poblaciones de Lan A y Lan C existió un viejo aeródromo que funcionó entre 1941 y 1967.9
Tras el terremoto de 1960 se erigen en la zona poblaciones destinadas a albergar a los damnificados, como la Población Emergencia (actual 18 de septiembre), a lo que se suma la labor de la Corporación de la Vivienda (Corvi), organismo estatal que desarrolla un plan de viviendas sociales que dio origen a varios sectores poblacionales, como Armando Alarcón del Canto.
En 1973, el Presidente Salvador Allende inaugura oficialmente la sede local de la Universidad Técnica Federico Santa María.10
Décadas más tarde, producto del crecimiento durante las décadas de 1980 y 1990, se inició la campaña por parte de los vecinos de sectores de Talcahuano como "Hualpencillo", "Villa Acero", "Villa Empart", "Caleta Lenga", "Parque Central", "Parque Residencial Biobío", "Lan C", entre otros, para convertirse en comuna.
Surgió un primer proyecto para formar la Comuna de Hualpencillo, que luego de muchas discusiones, se archivó en el año 2000.
Posteriormente, en el año 2003, se desarchivó, modificando el nombre comunal por Comuna de Hualpén, el que luego de varios debates y modificaciones, fue aprobado y publicado el 15 de marzo de 2004, en el mandato del presidente Ricardo Lagos Escobar.
En este período, fue delegado como alcalde Leocán Portus Govinden, hasta las elecciones del mismo año. El primer alcalde electo fue Marcelo Rivera Arancibia.
El 24 de mayo de 2006, el General Director de Carabineros de Chile, José Bernales, informó oficialmente que las comunas de Talcahuano y Hualpén se separaban administrativamente en el plano policial.
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