Desde el Tratado General de Arbitraje de 1902 entre Chile y Argentina, que perfiló la frontera aysenina, comenzó un lento proceso migratorio de colonos chilenos que entraron desde territorio argentino y se instalaron en distintas zonas de Aysén.
En 1909, un grupo de ellos se asentó en la ribera sur del lago General Carrera, atraído por el peculiar microclima de la zona que permite el cultivo de cereales y la plantación de frutales. Sin embargo, en 1917, la avanzada colonizadora tuvo que hacer frente a un inesperado problema: las tierras fueron arrendadas al sueco Carlos von Flack, a pesar de que estaban ocupadas por los colonos. Organizados para impedir el desalojo de sus tierras y liderados por Antolín Silva Ormeño, a quien llamaban «el general», los colonos se enfrentaron a los carabineros enviados a hacer cumplir las órdenes judiciales. Los carabineros mataron a tres colonos y expulsaron a los demás. Este suceso pasó a ser conocido como la «Guerra de Chile Chico».
La muerte de los tres colonos a manos de carabineros tuvo un gran impacto en la opinión pública chilena, obligando al gobierno a anular el contrato de arrendamiento; a la par que consolidó la posición de los colonos frente a las grandes compañías ganaderas de la región.
Finalmente, la comuna de Chile Chico fue creada en 1959 con el nombre de «Lago Buenos Aires», por ser éste el nombre que tenía en ambos países el lago que baña a esta localidad. Posteriormente, a la parte chilena del lago se le cambió el nombre por el de «lago General Carrera», y por esta razón la comuna pasó a denominarse «Chile Chico».
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