El valle del Huasco fue ocupado desde la conquista del país por encomenderos españoles, principalmente en la zona costera. El gobernador Ambrosio O'Higgins, recién asumido su mandato, recorrió en caballo y barco la zona norte de Chile hasta la actual ciudad de Copiapó. En su regreso, en 1789, fundó la ciudad de Vallenar con el nombre de San Ambrosio de Ballenary, en recuerdo de su villorrio natal en el condado de Sligo en Irlanda, eligiendo personalmente el lugar, equidistante entre la costa (actual ciudad de Huasco) y el angosto cajón cordillerano, en el paraje denominado Paitanas.
Desde sus inicios Vallenar ha sido una ciudad con una importante actividad minera. En 1811, al descubrirse una mina de plata en la zona (Agua amarga, a 24 km de la ciudad), José Miguel Carrera manda a fundar en la ciudad el primer banco en Chile. Luego, en el 1839, se hace la primera emisión de billetes particular del país, a cargo de Alejandro e Ignacio Walker. En 1892 llega el ferrocarril desde Huasco y en 1959 inicia sus operaciones la Compañía Minera del Pacífico, con las minas de hierro de Santa Fe, Algarrobo y Los Colorados.
El 10 de noviembre de 1922 la ciudad fue afectada por un terremoto grado 8,5, que generó severos daños en las construcciones del centro. El 30 de enero de 2013 un sismo de magnitud 6,7 en la escala de Richter afectó a la comuna.
Actualmente el proyecto minero más importante de la zona es el Proyecto Pascua Lama, que consiste en la explotación por parte de la empresa canadiense Barrick, de una mina de oro en el límite cordillerano del valle del Huasco con Argentina. Este proyecto ha sido ampliamente cuestionado por su impacto ambiental, ya que se emplazaría en los afluentes del Río Huasco, que es el sustento de la actividad agrícola y humana de la provincia, y además alteraría las reservas hídricas y ecológicas de la región, al necesitar para su ejecución la remoción de glaciares existentes en la alta cordillera. Hasta fines del 2005 el proyecto se encuentra en su evaluación ambiental por parte del organismo regulador nacional CONAMA.
Plaza de Armas de Vallenar.
Pascua Lama ya pasó por todos sus trámites ambientales y legales tanto en Chile como Argentina, para comenzar su construcción en el mes de septiembre de 2009, esto significará un gran impacto económico principalmente en la ciudad de Vallenar y todo el valle del Huasco.
En cuanto a su historia agrícola, en 1823 se construye el primer canal de riego, lo que fue seguido por muchos otros, hasta construirse, en el gobierno de Eduardo Frei Ruiz-Tagle, el Embalse Santa Juana.
Actualmente las dos principales fuentes económicas de la ciudad son la minería (fundamentalmente del hierro), y la agricultura (olivares, uva pisquera y de exportación, además de las frutas y hortalizas que abastecen a la población local).
A la fecha se están desarrollando dos grandes proyectos: una tiene relación con la instalación de una planta de producción de carne de cerdo (Agrosuper) y la otra el controvertido proyecto de explotación de oro Pascua Lama, el cual debería comenzar el proceso de montaje y construcción en septiembre de 2009. Hay otro proyecto importante en desarrollo denominado "El Morro", que potencialmente conllevaría un mayor desarrollo en Vallenar y la provincia del Huasco.
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