Fue fundada oficialmente el 8 de diciembre de 1744 por el gobernador José Manso de Velasco, bajo la designación de San Francisco de la Selva de Copiapó, aunque su origen se remonta antes de la llegada de los españoles, cuando formaba parte del imperio inca.
En ese entonces los nativos llamaban a esta localidad Copayapu, que algunos traducen como «Copa de oro», otros como «valle verde» y también como «Sementera de turquesas». Cuando el conquistador español Diego de Almagro descubrió el Reyno de Chile, el día 21 de marzo de 1536, lo hizo penetrando por la Cordillera de los Andes a través de la quebrada de Paipote, en medio del Valle de Copiapó el cual nombró valle de la posesión.[cita requerida] En estas tierras se celebró por primera vez en Chile una misa católica.
Diego de Almagro en el valle de Copiapó.
El 26 de octubre de 1540, Pedro de Valdivia toma posesión del Reyno de Chile en Copiapó (según las Crónicas de Bibar): "En jueves, xxvi días del mes de octubre de nuestra salud de mil quinientos y cuarenta, ante un escribano del rey que en el real venía, el general (Pedro de Valdivia) tomó posesión en nombre de su majestad. Hizo las diligencias que en tal caso se requerían, que son ciertas ceremonias hechas en esta forma: armado general de todas armas y su adarga embrazada en el brazo siniestro y la espada en su mano derecha y alta, cortando ramas y levantando ciertas piedras, moviéndolas de una parte a otra, diciendo en alta voz que emprendía y emprendió, y tomaba y tomó posesión en aquel valle de Copiapó en nombre de su majestad, ansí de aquel valle e indios de él como de toda la gobernación que de allí en adelante tenían; y que si alguna persona o personas había que se lo contradijese o defendiese, que él se mataría con tal persona o personas y, para efectuarlo, salió a un campo que vecino tenía a esperar al que quisiese salir, diciendo que lo defendería lo que decía con su persona y armas a pie y a caballo como de mandárselo quisieses. Si necesario fuere, perdería la vida en servicio de Dios y de su majestad, y pipiolo por fe y testimonio del escribano, el cual así se lo dio (…)
Entre estas épocas de bonanza, se destaca la que estuvo asociada al descubrimiento y explotación del mineral de plata de Chañarcillo, ubicado algunos kilómetros al sur de la Ciudad, por parte de Juan Godoy en 1832, y al posterior descubrimiento del mineral de Tres Puntas en 1848. Ambos descubrimientos, posibilitaron un rápido desarrollo de la zona, dejando así a la ciudad como una de las más importantes de la región. Muestra de ello es la creación en 1843 de la Provincia de Atacama, separándose así la zona de la Provincia de Coquimbo, y estableciéndose Copiapó como capital provincial. En ese mismo año adquiere el título de ciudad.
Múltiples fueron los adelantos traídos a la ciudad durante esta época, entre estos se destaca el Ferrocarril Copiapó-Caldera, inaugurado en 1851 y que fue el primero del país. Otros adelantos fueron la instalación alumbrado público a gas de hidrógeno sulfurado en 1852, la construcción del hospital, del teatro, de un cuartel policial (en aquellos años aún no existía la policía única y uniformada en el país) la inauguración de la Escuela de Minas de Copiapó en 1857, etc. Todos los avances tecnológicos impulsaron el desarrollo de la ciudad, especialmente en el ámbito industrial, produciéndose así una revolución industrial en la región lo que produjo la llegada de personas provenientes del sur del país y desde los mas lejanos paises convirtiendo asi a Copiapo en una de las ciudades más cosmpolitas del Chile de mediados del siglo XIX. Según Vicente Perez Rosales en su libro «Recuerdos del Pasado» en Copiapo eran notables las colonias de argentinos (la mas numerosa), españoles, italianos, britanicos (lo que incluye a ingleses, escoceses y galeses) alemanes y muchisimas otras nacionalidades. Posteriormente se afinco en Copiapo una importante colonia arabe de origen libanes. Tanto italianos como libaneses alcanzaron una fuerte influencia en todas las actividades locales, influencia que se mantiene hasta el dia de hoy.
La bonanza económica también trajo un desarrollo intelectual y político de una zona que históricamente no había tenido mayor relevancia en este aspecto, emergiendo de la zona personalidades políticas relevantes como Pedro León Gallo y Manuel Antonio Matta. El primero organizó una revolución en 1859, contra el gobierno conservador de Manuel Montt que logró ser sofocada a sangre y fuego siendo enviado Pedro León Gallo Goyenechea al exilio, cabe destacar que él fue la primera y única persona en Chile que ha sido elegida por voto popular como Intendente. Cuando éste volvió del exilio en 1863, fundó en Copiapó el Partido Radical junto a Matta, el cual tendría una gran importancia en el futuro dentro de la política chilena.
Hacia la década de 1870, la producción minera comenzó a descender fuertemente, despojando a la zona y a la ciudad de la importancia que había adquirido, trasladándose en la década de 1880 el polo de desarrollo del país hacia el nuevo extremo norte, específicamente, a las regiones que se habían integrado al país a causa de la Guerra del Pacífico, gracias al apogeo del Salitre. Esto sumió a la región en un estado de pobreza y abandono, lo cual provocó que la cantidad de habitantes tuviera una franca disminución. Esta se mantuvo estable en niveles bajos hasta bien entrado el siglo XX.
Esta situación se vio agravada por un fuerte sismo de 1918, que destruyó gran parte de la ciudad. Copiapó aun no se recuperaba del terremoto de 1918 cuando un nuevo sismo de 8.5º Richter sacudió a la ciudad el 10 de noviembre de 1922, que dejó el 40% de las construcciones de la ciudad en el suelo, y el 45% inhabitable. En toda la zona se registraron como mínimo 800 víctimas fatales. Esto sumado a la baja constante del precio de los minerales puso a Copiapó en una grave situación de postración que se arrastró durante varias décadas. Para algunos estudiosos esta crisis marcó el fin de la era de Chañarcillo.
Copiapó comienza nuevamente un período de desarrollo aunque lento y sin el esplendor de la época «plateada» de Chañarcillo, pero que le permite sobrevivir y consolidarse como ciudad hacia la década de 1940 gracias a la reactivación de la economía, originada en la explotación de minerales para ser exportados a Estados Unidos en plena II Guerra Mundial.Luego de ese período se produjo una baja en el precio de los minerales pero afortunadamente no alcanzando los niveles previos a 1930, pese a ello Copiapó pudo tener un crecimiento sostenido que se mantiene hasta el día de hoy, volviendo a aumentar así la población y afianzando a la ciudad como un centro importante dentro del norte del país. El desarrollo minero muestra nuevos bríos destacándose, entre otros, el yacimiento y fundición de Potrerillos en 1927, la fundición Paipote en 1953 y el yacimiento de El Salvador en 1959. También se comienza a desarrollar a partir de la década de 1970, especialmente en su segunda mitad, el área agroindustrial, dado que se facilito el desarrollo técnico de la agricultura, permitiendo la introducción del riego por goteo. Esto ha logrado que, una de las zonas más áridas del mundo, sea hoy una de las principales productoras de uva de mesa del mundo.
Edificio del Gobierno Regional de Atacama.
En 1976, por el proceso de regionalización impulsado por el Gobierno del General Augusto Pinochet Ugarte, se crea la III Región de Atacama, quedando Copiapó como Capital Regional. Durante este gobierno la ciudad recibió un fuerte impulso en su urbanización ya que se pavimentaron casi todas las calles de la ciudad además de construirse un moderno edificio para la Intendencia y se creó la primera biblioteca pública de la ciudad en 1983, esto es curioso porque los ricos magnates de la minería copiapina del siglo XIX tenían fabulosas colecciones privadas traídas directamente de Europa y Estados Unidos pero no las compartieron con la comunidad local, y las colecciones se fueron perdiendo con el tiempo. Excepción de lo anterior, fue la enorme biblioteca del acaudalado empresario minero y hombre público, Felipe Santiago Matta, quien legó la suya al primer Liceo de Hombres creado en la ciudad. Actualmente es parte de la colección Bibliográfica del Museo Regional de Atacama.
En 1978 comenzó la denominada revolución verde, con el cultivo a gran escala de uva de mesa en el Valle de Copiapó, propiciando una etapa de gran auge económico para la zona, que dejó de depender de los vaivenes del precio de los minerales. Es destacable que a partir de 1990 las autoridades mantuvieran el impulso productivo a nuevas áreas de la economía que había dado el régimen saliente. A partir de la segunda mitad de la década de 1990 ya se comenzara a vislumbrar en Copiapó el desarrollo del sector frutícola.
Se dice que gracias a la uva, Copiapó ha comenzado ser ciudad pues ha dejado de depender únicamente de la minería. Antes toda su actividad giraba en torno a la minería y no eran pocos quienes la consideraban solo como «un campamento minero con muchos autos» donde la población disminuía automáticamente si bajaba el precio de los minerales y aumentaba si ocurría lo contrario, ello además se reflejaba en la estética de la ciudad, donde los habitantes no manifestaban mayor preocupación por el estilo arquitectónico de sus viviendas o, algo más simple, como la mantención adecuada de estas, por considerarse buena parte de sus habitantes como de paso en la capital atacameña. A partir de la década de 1980 esto ha comenzado a cambiar con la llegada de profesionales desde otras partes tanto de Chile como del extranjero, o de muchos copiapinos que han emigrado para estudiar y han regresado a su tierra para mejorarla. A ello hay que agregar que la creación de la Universidad de Atacama en 1981 ha permitido que año a año llegue a la ciudad un número importante de jóvenes universitarios desde todo Chile que ha permitido contrarrestar la emigración de los jóvenes desde Copiapó hacia otros puntos del país que fue tan característica durante más de un siglo.
Además de la minería y la uva, ha comenzado en los últimos años el cultivo de olivos y la producción de aceite de oliva. También ha tenido un fuerte auge el turismo, especialmente el de aventura, orientado hacia un público más exigente y con poder adquisitivo (desierto de Atacama, volcán Ojos del Salado, etc).
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