Época de la República de Bolivia
Fue fundada como caleta en 1843 por el ingeniero francés Domingo Latrille Loustauneau, cónsul de su país en Cobija, cuando se instaló una pequeña fundición de cobre, la Sociedad Mineralógica de Tocopilla, se explotaban las guaneras de Punta Paquica, y su bahía servía de puerto de embarque para el guano y el cobre. En 1870 se realizaron los primeros embarques de salitre del Cantón Toco y, en 1871, fue nombrada "Puerto Menor" por Bolivia.
En 1877, nuevamente el ingeniero Latrille trazó el pueblo por encargo de las autoridades bolivianas asentadas en el puerto de Cobija.
Así, la expansión de la Fundición Duendes, determinó que el día 29 de septiembre de 1843, el Prefecto de Cobija, Don Andrés María Torrico autorizara a una comisión integrada por los señores Mariano Benavides y el propio ingeniero Latrille, para estudiar la instalación de una red ferroviaria interna que uniesen las diferentes dependencias de la Fundición Duendes.
En consecuencia, la solicitud de los industriales propietarios de los "Establecimientos Mineros de Duendes", Neylor, Oxley y Cía., con el apoyo de los hermanos Dorado, propietarios de otra beneficiadora de minerales, quienes pedían ampliación sobre la base de la población ya establecida, se eligiera para Tocopilla como fecha de aniversario, el día 29 de septiembre.
Guerra del Pacífico
Para Bolivia el contrato de 1873 con la "Compañía de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta" aún no se encontraba vigente, porque de acuerdo a la constitución boliviana, los contratos sobre recursos naturales debían aprobarse por el congreso.2 En 1878 la Asamblea Nacional Constituyente boliviana, en medio de una crisis económica, se avocó al estudio del acuerdo celebrado por el gobierno en 1873. Decidió ratificar el contrato si se pagaba un impuesto de 10 centavos sobre quintal exportado de territorio boliviano. Esta decisión que afectaba los intereses de la Compañía de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta, finalmente fue considerada por el gobierno chileno como una violación al artículo IV del tratado de 1874. Dicho impuesto de 10 centavos, que afectaba a esta empresa es considerado como el casus belli de la Guerra del Pacífico. Con ello la escuadra chilena ocupó militarmente Antofagasta el 14 de febrero de 1879.
El 13 de marzo el coronel chileno Cornelio Saavedra solicita al presidente Pinto ocupar más allá del paralelo 23. Pinto lo autoriza. Con ello el coronel Sotomayor parte hacia Cobija, Tocopilla y Calama.3 Tanto Cobija como Tocopilla estaban al norte del paralelo 23 y eran definitivamente territorio boliviano que no estaba en disputa.4 El 21 de marzo desembarca en Tocopilla la tripulación del Cochrane al mando de Enrique Simpson.
El monitor peruano Huáscar, en viaje al norte (8 de agosto de 1879), inspecciona los puertos de Cobija y Tocopilla, en busca de transportes o buques mercantes chilenos. En Cobija pasa visita a tres buques mercantes anclados en la bahía y captura cuatro lanchas. El 30 de octubre de 1879, tanto la cañonera chilena Covadonga, como en transporte Angamos, embarcan en Tocopilla al batallón de artillería de marina y tropa de caballería chilenos hasta horas de la noche, con una inusual actividad en el puerto.
Los preparativos bélicos que movilizaron tropas y piezas de artillería sirvieron para enfrentar el Desembarco y combate de Pisagua, el 2 de noviembre de 1879. Hasta ese momento, la ubicación de Tocopilla había jugado un papel muy activo en la guerra. Con el inicio de la campaña de Tarapacá, Tocopilla pierde su valor estratégico para el mando chileno que había mantenido desde un comienzo de la lucha.
El 4 de abril de 1880, el vigía chileno del puerto anunciaba: ¡Vapor del norte!. Una nave se aproximaba en el horizonte cerca a las 9:00am. Una hora después, se apreciaba claramente que era un barco de guerra peruano. Se trataba del Oroya un transporte de rueda, semejante a las naves Chile y Perú del año 1840, un sobreviviente de la armada peruana.
El Oroya una vez que capturó al remolcador Duendes, se dirigió al centro de la bahía. En aguas de Tocopilla, se encontraba el pequeño vapor chileno Taltal, armado en la guerra, que antes de la entrada del Oroya a la bahía, encendió los fuegos de sus calderas para evadir su captura. En una ardua batalla el Taltal evade los diparos del Oroya. Los tripulantes del Oroya no abordan al Taltal para evitar encallar como la Independencia, y sale en retirada hacia el sur.
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